Die Entfernung der Weisheitszähne zählt statistisch gesehen zu den häufigsten operativen Eingriffen, welche die Ärzte in Deutschland durchführen. Der Grund liegt an der besonderen Lage der Zähne, die sich erst deutlich später als das restliche Gebiss entwickeln. Die Zähne bilden sich sehr weit hinten im Kiefer. Dort herrscht zu diesem Zeitpunkt Platzmangel. Stellt der Zahnarzt fest, für die Weisheitszähne sei zu wenig Platz vorhanden, empfiehlt er eine Operation. Dasselbe liegt vor, wenn lediglich in einem Kiefer Weisheitszähne vorhanden sind. In besagtem Fall fehlt den neuen Zähnen der Gegenspieler und sie wachsen über die Kauebene hinaus.
Die Operation läuft unter einer lokalen Betäubung, einem Dämmerschlaf oder einer Inkubationsnarkose ab. Die Wahl der Betäubung hängt vom Arzt und den Wünschen des Patienten ab. Während des Eingriffs führt der Arzt mit dem Skalpell einen Schnitt an der Stelle aus, unter der sich die noch nicht durchgebrochenen Weisheitszähne befinden. Anschließend schiebt er das Gewebe, welches den Kieferknochen bedeckt, zur Seite. Im nächsten Schritt verwendet der Zahnarzt eine chirurgische Fräse, um an besagter Stelle eine Art Fenster aus dem Knochen zu fräsen. Dadurch ist der Kieferknochen offen. Währenddessen findet eine permanente Kühlung durch eine Kochsalzlösung statt. Mit der Fräse legt er die Krone des Weisheitszahnes frei. Anschließend entnimmt der Arzt den Zahn in mehreren Teilen. Dabei ist darauf zu achten, so wenig wie möglich Bestandteile des Knochens abzutragen.
Im Anschluss an die vollständige Entfernung des Weisheitszahnes folgt das Verschließen der entstandenen Wunde. Dafür schiebt der Arzt das Zahnfleisch zurück und näht den anfangs ausgeführten Schnitt mit Fäden zusammen. Die Wunde der Weisheitszahn-OP gilt insbesondere in den ersten Tagen nach dem Eingriff als anfällig für Entzündungen. Eine gründliche, regelmäßige Mundhygiene und der Verzicht auf Nahrung mit Körnern mindern die Entzündungsgefahr.
Die erwähnte Naht verschließt den offenen Kieferknochen, um die Wundoberfläche zu verringern. Zwar ist der Kieferknochen äußerlich nicht mehr offen, dennoch verbleibt zunächst an der ehemaligen Stelle der Weisheitszähne ein Hohlraum. Nach der Operation fließt Blut in den Raum und füllt diesen auf. Das entstehende Gerinnsel (Blutkoagel genannt) nimmt eine wichtige Rolle beim weiteren Heilungsverlauf ein. Aus dem Blutgerinnsel bildet sich innerhalb der nächsten drei Monate ein Faserknochen. Dabei handelt es sich um eine Art Vorknochen, der eine sehr weiche Konsistenz besitzt. Aufgrund des Faserknochens ist der Kiefer zwar nicht mehr offen, er besitzt jedoch noch nicht seine ursprüngliche Widerstandsfähigkeit. Ehe sich aus dem Vorknochen der endgültige Knochen mit der benötigten Härte bildet, vergeht weitere Zeit. Besagter Prozess der Umwandlung nimmt in der Regel ein zusätzliches Jahr in Anspruch.